Lembaga Penjamin Mutu (LPM) STAI Miftahul Ulum (STAI-MU) berperan dalam penjaminan mutu pendidikan dan pembelajaran, penelitian, pengabdian masyarakat, serta sistem informasi dan sistem pendukung di lingkup STAI-MU. LPM juga melakukan Audit Mutu Internal terhadap program Studi dalam upaya penjaminan mutu dimaksud sebagaimana dinyatakan dalam STATUTA STAI-MU Pasal 31. Penjaminann mutu internal dilaksanakan secara tersistem dalam kerangka Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI).